zotero-cli

Zotero CLI

Library taste（文献管理偏好）

涉及标签、收藏夹、分类层级、命名、合并或其他需要判断用户文献管理偏好的任务时，必须先运行：

.\zot.exe lib taste --json

当 data.exists=true 时，完整读取 data.content，并按“当前用户指令 > taste.md > 工具默认行为”的优先级执行。文件不存在时，提示用户运行 .\zot.exe lib taste --init，但不要阻塞其他安全操作。

优先使用本地 CLI，不要自行实现 Zotero API 调用。

工作流程

1. 在项目根目录下工作。
2. 优先使用 .\zot.exe（如果二进制文件存在且版本足够）。
3. 验证源码变更或二进制缺失时回退到 go run .\cmd\zot ...。
4. Agent 工作流优先使用 --json。
5. 假设凭据可用前先运行 config check。

读优先默认命令

.\zot.exe lib show --json                   # 一站式库概览（Agent 入口推荐）
.\zot.exe lib taste --json                  # 读取当前文献库的长期管理偏好
.\zot.exe lib stats --json
.\zot.exe tag list --json                   # JSON 包含 type：0=手动，1=自动
.\zot.exe tag clean --match '^[\x00-\x7F]+$' --max-items 1 --json # 默认仅预览低频自动英文标签
.\zot.exe find --all --json
.\zot.exe find --sort dateAdded --order desc --limit 10 --json  # 最近入库
.\zot.exe find "query" --json
.\zot.exe show ITEMKEY --json
.\zot.exe ref show ITEMKEY --json              # PMC/PubMed 核心 + Europe PMC 自动补全
.\zot.exe ref build --workers 3 --json         # 全库增量参考文献索引
.\zot.exe ref resolve --workers 8 --json        # 并行将参考文献匹配回本地条目
.\zot.exe ref find '"phrase" OR prefix*' --in all --json # 原生 SQLite FTS5 查询
.\zot.exe ref find '"query"' --in metadata --field mesh --json # 精确搜索 PubMed MeSH
.\zot.exe ref related ITEMKEY --limit 20 --json   # PubMed 官方相似文献
.\zot.exe ref links ITEMKEY --json                # 合并 NCBI 与 Europe PMC 生物医学资源
.\zot.exe ref cited ITEMKEY --external --json  # Europe PMC 外部被引网络
.\zot.exe ref entities ITEMKEY --json          # Europe PMC 实体/关系并写入按需索引
.\zot.exe ref profile ITEMKEY --json              # 版本、评价、基金与开放获取画像
.\zot.exe ref status --view unsupported --json                # 查看 NCBI 不支持、待 GROBID 的条目
.\zot.exe ref cited ITEMKEY --json            # 查询哪些已索引条目引用该文献
.\zot.exe ref ctx ITEMKEY --json            # 查询 PMC 正文引用语境
.\zot.exe ref build --scope contexts --workers 3 --json # 补建历史 PMC 引用语境
.\zot.exe ref status --view grobid --json              # 实验性：检查可选 PDF 后备
.\zot.exe ref build --scope grobid --limit 5 --json     # 实验性：显式小批量解析
.\zot.exe find --collection COLLKEY --all --json | .\zot.exe item export --from - --as csljson
.\zot.exe item export KEY1 KEY2 --as bibliography --style nature # Web API 排版；--stream 输出原始 HTML
.\zot.exe item import paper1.pdf paper2.pdf --collection COLLKEY --dry-run --json # 批量 PDF 预检；正式导入去掉 --dry-run
.\zot.exe ann list ITEMKEY --json          # 读取 PDF 标注（双源）

ref 路由规则：PMC JATS 优先；没有 PMC 时使用 PubMed ELink，并以 Europe PMC references 补充非 PMID 引用。Europe PMC 失败不得阻断 NCBI 核心结果。ref entities 是 Europe PMC 文本挖掘实体，顶层 annotations 才是 Zotero/PDF 人工标注。完整说明见 docs/user/references.md。

全文相关决策规则

对“全文”请求，优先区分 检索、预览、整篇读取 三种意图，不要默认直接跑 pdf text。

1. 基于全文检索

当用户是在问“哪些文献提到 X”“正文里有没有 X”“找相关段落/证据”时，优先使用：

.\zot.exe find '"phrase" OR prefix*' --in fulltext --snippet --json

适用场景：

• 查关键词是否出现在 PDF 正文中
• 找命中段落或证据片段
• 先缩小候选文献范围

默认规则：

• local / hybrid 下优先走这条路径
• 已有 snippet 足够回答时，不再升级到 pdf text
• 需要更多结果时再显式增加 --limit

2. 单篇正文预览

当用户已经指定条目，但只是想快速看正文相关内容，而不是读取整篇正文时，优先使用：

.\zot.exe show ITEMKEY --snippet --json

适用场景：

• “先看看这篇讲了什么”
• “给我这篇的正文预览”
• “先看一下正文里和这个主题最相关的一段”

默认规则：

• 能用 show --snippet 回答时，不直接跑 pdf text
• 需要时可先配合 show ITEMKEY --json 看摘要、附件、标签、元数据

3. 整篇正文读取

只有在用户明确需要整篇正文，或 snippet / abstract 不足以完成任务时，才使用：

.\zot.exe pdf text ITEMKEY --json
.\zot.exe pdf text ITEM1 ITEM2 --grep "gene\s+flow|introgression" --json
.\zot.exe pdf text --collection "研究/植物/栗属" --grep "gene\s+flow|introgression" --json

local / hybrid 下该命令默认确保项目全文缓存存在，并返回 content_path / chunks_path；Agent 直接读取 content_path，不要期待 JSON 内嵌整篇正文。这些是提取文本缓存，不是 PDF 二进制副本；源附件路径使用 file path KEY --json 查询，KEY 可为普通条目或附件。只有使用 --grep、--pages 或 --max-chars 时才返回文本子集；--grep 默认解析为不区分大小写的 Go 正则，可直接用 | 表达多个候选词，特殊字符按正则规则转义。指定条目范围时可传多个 item key，或用 --collection 传收藏夹 key、唯一名称或完整层级路径。有分页缓存时，JSON 按附件和命中页返回 match_count、页码与相邻上下文；检索保持只读，不会自动创建标注。只有显式 --output-dir 才导出 Markdown，并且不会复制源 PDF。remote 模式因客户端无法访问服务端路径，仍返回正文。

适用场景：

• 明确要求“读取全文/整篇正文”
• 逐段总结、方法细读、结果抽取
• 需要把全文作为长上下文交给后续分析

默认规则：

• pdf text 是重操作，不要把它当作全文检索的默认入口
• 它会优先读取 .zotero_cli/fulltext 缓存；只有缓存 miss 时才重新提取。PDF 路径、大小或高精度修改时间变化时缓存自动失效
• 除非用户明确要整篇，或轻量路径不够，否则不要直接调用

4. 推荐路由顺序

优先顺序始终是：

1. find --in fulltext --snippet
2. show ITEMKEY --snippet
3. pdf text ITEMKEY

如果用户需求仍然模糊，默认先走更轻的路径，而不是先拿整篇正文。

时间查询决策规则

最近入库 / 最近添加

用户问“最近入库”“今天刚添加”“最新加入 Zotero 的文献”时，用 dateAdded，不要用发表日期 date：

.\zot.exe find --sort dateAdded --order desc --limit 10 --json
.\zot.exe find --all --added-since 7d --sort dateAdded --order desc --json

如果只是快速人工扫标题，优先用文本模式的轻量字段：

.\zot.exe find --sort dateAdded --order desc --limit 10 --include-fields title,date_added,container

注意：--include-fields 主要影响文本模式。默认 find/show --json 返回轻量结构（creator_summary、collection_names）；完整 Item 必须显式使用 --full。find --snippet 与 --full 互斥，只返回轻量元数据和以真实命中为中心、最多约 1200 字符的 matched_chunk 证据。

发表时间范围

用户问“某个时间范围内发表的文献”时，用发表日期过滤：

.\zot.exe find --all --date-after 2026-03 --date-before 2026-03 --sort date --order desc --json

日期输入支持 YYYY / YYYY-MM / YYYY-MM-DD。local/hybrid 会兼容 Zotero 常见的部分日期字符串，如 YYYY-MM-00 YYYY-MM 和 MM/YYYY。

最近修改

用户问“最近修改/最近更新过元数据”时，用：

.\zot.exe find --all --modified-within 7d --sort dateModified --order desc --json

利用 find 的过滤能力减少额外请求：

基础过滤：

• --date-after YYYY[-MM[-DD]]
• --date-before YYYY[-MM[-DD]]
• 多次使用 --tag（AND） / --tag-any（OR）
• --include-trashed（web only）
• --qmode everything（web only）

高级过滤（local / hybrid）：

• --no-type TYPE — 排除某文献类型
• --tag-contains WORD — 标签模糊匹配
• --exclude-tag TAG — 排除含某标签
• --collection KEY — 按收藏夹过滤
• --no-collection KEY — 排除收藏夹
• --modified-within DURATION — 最近修改（如 7d、2w）
• --added-since DURATION — 最近添加
• --has-pdf — 仅有 PDF 附件的条目
• --attachment-name TEXT — 附件文件名匹配
• --attachment-path TEXT — 附件路径匹配

输出控制：

• --include-fields url,doi,version — 文本模式指定额外字段；JSON 完整 Item 使用 --full
• --full — 完整字段 + 附件详情
• --sort FIELD + --order asc|desc — 排序
• --offset N + --limit N — 分页

全文检索：

• --in metadata|fulltext — 唯一的检索范围选择器；默认 metadata，全文范围只支持 local/hybrid
• fulltext 的 QUERY 直接使用 SQLite FTS5："完整短语"、prefix*、AND / OR / NOT、括号
• --snippet — 启用 FTS5 匹配片段预览，且要求 --in fulltext（未指定 --limit 时默认 20 条）

文本模式辅助选项：

• --include-fields url,doi,version
• --full

PDF 操作（需 local 模式 + PyMuPDF）

# 提取 PDF 正文（重操作；先读缓存，miss 时才重新提取）
.\zot.exe pdf text ITEMKEY --json
.\zot.exe pdf text ITEM1 ITEM2 --grep "hybridization|introgression" --json
.\zot.exe pdf text --collection "研究/植物/栗属" --grep "hybridization|introgression" --json
.\zot.exe file path KEY --json                  # item/attachment key 均可；返回路径与健康状态
.\zot.exe file open KEY --json                  # 用系统默认程序打开；多附件条目需传 attachment key

# 双源读取标注
.\zot.exe ann list ITEMKEY --json
.\zot.exe ann list ITEMKEY --type highlight --page 3 --json
.\zot.exe ann list ITEMKEY --attachment ATTACHMENT_KEY --json
# 分来源预览并删除标注
.\zot.exe ann delete ITEMKEY --source zotero --type highlight --dry-run --json
.\zot.exe ann delete ITEMKEY --source zotero --type highlight --yes --json
.\zot.exe ann delete ITEMKEY --source pdf --attachment ATTACHMENT_KEY --type highlight --yes --json

# 写入标注到 PDF
.\zot.exe ann new ITEMKEY --attachment ATTACHMENT_KEY --text "关键概念" --color red --comment "重要"
.\zot.exe ann new ITEMKEY --text "speciation" --type underline --color blue

# 用系统默认程序打开，并在结果中返回真实路径；页码仅作为提示
.\zot.exe pdf open ITEMKEY --page 5

笔记查询

.\zot.exe note list --json
.\zot.exe note find 'CRISPR|gene\s+editing' --limit 20 --json

note find QUERY 默认按不区分大小写的 Go 正则解析；note list 只枚举笔记。导出只接收明确 item key，或 --from PATH|- 读取 key 数组、item 数组及 find --json 响应；所有筛选先由 find 完成。--as bibliography --style STYLE 使用 Zotero Web API 一次排版最多 100 条参考文献，普通输出为纯文本，--stream 为原始 HTML；纯 local 模式应改用 --as csljson。

写操作安全

以下命令属于写操作：

• item new / item edit / item tag / item untag
• tag replace / tag apply / tag clean --yes
• coll new / coll edit / coll add / coll remove
• note new / note edit
• search new / search edit
• ann new（向 PDF 文件写入高亮/笔记）

以下命令属于破坏性操作：

• item delete / coll delete / note delete / search delete
• ann delete

条目有多个 PDF 时，ann list/new/delete 默认使用第一个 PDF；应优先用 --attachment ATTACHMENT_KEY 精确选择。ann new 在临时副本中写入并验证后替换，非 dry-run 零匹配会失败且保留原 PDF。ann delete 必须显式使用 --source zotero|pdf，并优先执行 --dry-run。Zotero 来源按 annotation item key 走 Web API，PDF 来源按 xref 事务式修改文件；不要直接修改 itemAnnotations。

执行任何写操作前：

1. 确认用户确实要修改数据。
2. 检查 ZOT_ALLOW_WRITE 和 ZOT_ALLOW_DELETE 是否允许该操作。
3. 尽可能使用版本前置条件。

remote 模式：当配置了 ZOT_API_KEY 时，remote 模式（remote+web）同样支持写操作，遵循与 web 模式相同的写/删安全规范。

补充：ann list/new/delete 属于例外。它们在 pure remote 下也可通过远端 zot server 执行，不要求客户端配置 ZOT_API_KEY；是否允许写入/删除由服务端 ZOT_ALLOW_WRITE / ZOT_ALLOW_DELETE 控制。

执行任何删除操作前：

1. 复述目标 key 或 keys。
2. 确认无歧义。
3. 请求有任何不确定就先询问用户。

配置

CLI 配置存储在 ~/.zot/.env。

常用命令：

.\zot.exe config init                    # 一键初始化（推荐，含模式选择和可选 PyMuPDF 安装）
.\zot.exe config init --mode hybrid --api-key ...  # 非交互模式
.\zot.exe config init --mode remote --server-addr http://192.168.1.100:8021
.\zot.exe sync                              # 单向增量拉取到本地 ~/.zot/sync/
.\zot.exe sync status --full                # 状态 + SQLite/manifest 完整校验
.\zot.exe --mode local find "query"          # 同步后直接使用本地镜像
.\zot.exe config show                       # 查看当前配置
.\zot.exe config check   # 校验配置有效性

sync 同时复制 storage/ imported 附件和可解析的 linked_file 外部附件。外链文件保留 attachments: 后的相对目录并写入同步端 ~/.zot/sync/attachments/，不依赖服务端绝对路径，也不改写 SQLite；缺少安全相对路径、基本目录或源文件的单个附件以 warning 跳过，不回退到 attachment key 镜像，也不阻断整库同步，已有旧副本保留为 stale。远端附件删除不传播到本地。未显式配置 data_dir 时，--mode local 自动识别 ~/.zot/sync。

配置缺失时，主动初始化而不是绕过错误。

环境变量速查

| 变量 | 说明 | 默认 | |-

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